Фамилия Ботнарюк — яркий пример того, как прозвище, связанное с ремеслом или бытовой деталью, закрепилось в качестве родового имени. Её основа — прозвище Ботнарь, а суффикс -юк указывает на характерное для западных регионов (Украина, Беларусь, юго-запад России) оформление фамилий: он часто обозначал «маленького» или «сына» носителя основы, то есть Ботнарюк — это «сын Ботнаря» или «потомок Ботнаря».

Слово «ботнарь» в русских говорах многозначно, и у фамилии есть сразу несколько версий происхождения. Самая прямая отсылка — к слову «ботня», то есть небольшое судно с набойными бортами. В этом случае Ботнарь — мастер, строивший такие лодки, либо человек, который на них ходил. Вторая версия связывает прозвище с «ботами» — высокими калошами или ботинками, так что предок мог быть сапожником. Третья версия отталкивается от слова «бот» — так называли небольшую рыбацкую лодку: тогда Ботнарь — либо рыбак, либо лодочный мастер.

Есть и менее очевидный вариант — от глагола «ботать». В тамбовских говорах это «качать, болтать, колебать», а в новгородских — «топать». Если прозвище пошло отсюда, то Ботнарем могли прозвать человека неуверенного или, наоборот, тяжело, неуклюже ступающего. В словаре С. Б. Веселовского «Ономастикон» упоминается родственное прозвище: Ботно, крестьянин, 1564 год, Новгород. Эта запись подтверждает, что корень «бот-» использовался в русской антропонимии ещё в XVI веке, причём именно на севере.

Из всех версий наиболее правдоподобной выглядит «лодочная» — она прослеживается сразу в двух значениях (ботня и бот) и подкреплена географией: фамилия Ботнарюк чаще всего встречается на западе Украины и в соседних регионах, где речное и озёрное судоходство было развито. Версия с сапожником слабее, потому что «боты» в значении обуви — слово более позднее и книжное, а «ботать» в значении «топать» — слишком размытое для устойчивого прозвища.

Фамилия Ботнарюк не относится к числу дворянских или родовитых — это типичная фамилия-прозвище, которая возникла в среде ремесленников и крестьян. Со временем прозвище Ботнарь полностью заменило собой личное имя и передавалось по наследству, а суффикс -юк закрепил его в форме, характерной для западнорусских и украинских фамилий.