Фамилия Ботнарева — женская форма фамилии Ботнарев, и её происхождение напрямую связано с молдавским и румынским языками. В основе лежит слово «ботнар» (или «бутнар»), которое в Молдавии и на юго-западе Украины означало мастера по изготовлению деревянных бочек, кадок и другой бондарной посуды. По сути, Ботнарев — это тот же русский Бондарев, но с местным диалектным корнем.

Суффикс «-ев» в фамилии указывает на принадлежность: Ботнарев буквально значит «сын ботнаря» или «из семьи ботнаря». Такая модель образования (основа ремесла + суффикс) типична для восточнославянских фамилий, но в данном случае она наложилась на неславянскую основу. Это говорит о том, что предок носителя фамилии жил в зоне активного контакта славянских и романских культур — скорее всего, на территории современной Молдавии, Приднестровья, Черновицкой или Одесской областей Украины. Фамилия часто встречается в Бессарабии, где веками жили молдаване, украинцы и русские.

В русском языке слово «ботня» (от того же корня) тоже встречается, но в значении «мелкая посудина, бочонок». Однако основная версия всё же молдавская, так как профессиональное прозвище «ботнар» в славянских говорах не зафиксировано. Фамилия недворянская, крестьянская или ремесленная — предки Ботнаревых были сельскими мастерами, бондарями, без которых не обходилось ни одно хозяйство, где нужно было хранить вино, зерно или соленья.

В написании возможны варианты: через «у» (Бутнарев) или с ударением на второй слог, что характерно для южнорусских и украинских фамилий. Женская форма Ботнарева склоняется стандартно, но в быту иногда ошибочно воспринимается как неизменяемая, хотя это не так.