Фамилия Ботнева — женская форма, а её мужской вариант Ботнев отсылает к прозвищу предка Ботень. Сама фамилия образована по простой и распространённой модели: к основе Ботень добавили суффикс -ев, который в русских фамилиях означает «чей?» — то есть «сын Ботеня» или «из рода Ботеня». Ударение в прозвище, скорее всего, падало на первый слог: Бо́тень.

Что скрывается за этим прозвищем? Точного ответа нет, но есть несколько версий, и все они связаны с занятиями человека. Первая: от слова «бот» — плоскодонное грузовое судно для рек и морей. Тогда Ботенем называли судостроителя, лодочника или моряка. Вторая: от слова «боты» — высокие калоши или ботинки. Здесь прозвище могло закрепиться за сапожником или торговцем обувью. Третья: от слова «ботало» — так называют и шест для загона рыбы в сети, и деревянный колокольчик на шее скота. Выходит, что Ботенем мог быть и рыбак, и пастух.

Слово «ботало» — особенно интересная деталь. В русских говорах оно многозначно. В рыболовстве это приспособление, которым шумят под водой, пугая рыбу. В скотоводстве — тот самый звонкий «глухой колокольчик», который помогал пастуху находить корову в лесу или тумане. Оба значения уходят корнями в глагол «ботать» — бить, стучать, шуметь. Прозвище Ботень могло отражать не только профессию, но и манеру человека говорить или двигаться — громко, шумно, «ботать» языком.

Фамилия Ботнев — редкая. Она не встречается в списках дворянских родов и не попала в массовые переписи крестьян центральных губерний. Её географические корни, скорее всего, лежат на севере или в Поволжье — там, где были распространены и речной транспорт (боты), и рыболовство с боталами, и говоры, сохранившие это слово. В современных телефонных справочниках носители фамилии встречаются в Архангельской, Вологодской областях и в Пермском крае.

Словообразовательный нюанс: фамилия Ботнев (и Ботнева) стоит в ряду таких же «профессиональных» фамилий, как Лодкин, Каюров, Баржев. Все они образованы от названий судов или их частей. Но если Лодкин и Каюров — почти однозначно «речники», то Ботнев оставляет простор для версий: от корабела до пастуха.