Прозвище Ботнарь восходит, вероятно, к слову «ботня» - «небольшое судно с набойными бортами». Видимо, основатель рода Ботнарь был кораблестроителем. Согласно другой версии, в основе этой фамилии лежит румынское слово botina – «ботинок, башмак». В этом случае Ботнарем могли называть обувщика, сапожника. Веселовского упоминается родственное прозвище Ботно, крестьянин, 1564 г., Новгород.