Оно ведет свое начало от украинского нарицательного «бодня» - «бочка», «кадушка с крышкой и замком». Вероятно, прозвище Боднарь относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на род деятельности основателя фамилии: он мог заниматься изготовлением деревянной посуды, быть бочаром, бондарем. Согласно другой гипотезе, Боднарем именовали невысокого полного человека.