Фамилия Боднарь — прозрачный случай украинской профессиональной этимологии, хотя и не без бытового оттенка. В её основе лежит слово «бодня» — так на Украине называли небольшую кадушку с крышкой и замком, своего рода дорожный сундучок для ценных вещей. Отсюда и прямое значение: Боднарь — это бочар, бондарь, мастер по изготовлению деревянной посуды и бондарных изделий. Такая фамилия закреплялась за человеком, для которого ремесло было основным занятием, и со временем переходила к детям как родовое имя.

Модель образования типична для украинских фамилий: основа «бодн-» плюс суффикс деятеля «-арь» (в украинском произношении — «-ар»). Тот же суффикс мы видим в фамилиях Гончар, Кобзарь, Столяр — все они указывают на профессию. Фамилия Боднарь не получила дополнительных русских суффиксов -ов или -ин, что сохранило её исходную украинскую форму и выдаёт регион происхождения: скорее всего, западные или центральные области Украины, где бондарный промысел был особенно развит.

Существует и вторая, менее распространённая версия. Согласно ей, прозвище Боднарь могли дать невысокому полному человеку — по ассоциации с бочонком, «боднёй». Такое шутливое или описательное прозвище тоже вполне вписывается в народную традицию, где внешность часто становилась основой для фамилии. Однако профессиональное объяснение выглядит убедительнее: оно опирается на прямую связь с ремеслом, которое было массовым и заметным в быту.

В русском написании фамилия иногда встречается как Бондарь — это результат адаптации украинского произношения к русской фонетике. Но форма Боднарь сохраняет более архаичный и региональный вариант, который в документах встречается реже, что делает её хорошим маркером украинского происхождения рода.