Фамилия Батрукеева — женская форма фамилии Батрукеев. Её основатель, скорее всего, носил имя или прозвище Батрукей. В русской ономастике фамилии на -еев обычно образуются от календарных или некалендарных имён, оканчивающихся на -ей: Алексеев, Андреев, а также Матвеев, Тимофеев. Здесь мы видим ту же модель: Батрукей → Батрукеев.

Само имя Батрукей — редкое. Скорее всего, это тюркское по происхождению имя, распространённое у народов Поволжья, Приуралья или Сибири (татары, башкиры, казахи). В его основе лежит слово «батыр» (богатырь, храбрец) с уменьшительно-ласкательным суффиксом -кей. «Батыр» — очень популярный компонент тюркских имён (Батырша, Батырхан). Прибавление -кей даёт значение «маленький богатырь», «сынок-богатырь» или просто ласковое прозвище для крепкого мальчика. В русской среде тюркское имя могло перейти в фамилию без изменений, с добавлением русского патронимического суффикса -ев.

Вторая, менее вероятная версия — происхождение от арабского имени Батрух (вариант имени Бадр — «полная луна»). Но форма Батрукей по звучанию ближе к тюркскому ряду, а не к арабскому.

Географически фамилия Батрукеева (и Батрукеев) встречается в основном в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане. Это указывает на регион, где в прошлом активно смешивались русское и тюркское население. Предки носителей фамилии могли быть крещёными татарами или башкирами, принявшими русскую фамильную модель, либо русскими, перенявшими тюркское прозвище от соседей. Сословно — скорее всего, крестьяне или казаки (Оренбургское казачье войско активно вбирало в себя местные народы).

Таким образом, фамилия Батрукеева — памятник русско-тюркского пограничья, где имя «сынок-богатырь» стало родовым.