Фамилия Батюшкина — редкий случай, когда основа слова сохранила прямую, почти интимную связь с религиозным обиходом, но при этом сама фамилия не обязательно указывает на священника. Корень здесь — «батюшка». В дореволюционной России это слово имело два главных бытовых значения: почтительное обращение к священнику (отцу духовному) и, в крестьянской среде, уважительное именование отца или старшего мужчины в семье.

Модель образования фамилии — притяжательное прилагательное с суффиксом -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: «чей?» — батюшкин, то есть сын или дочь (в женском варианте — Батюшкина) того, кого звали или называли Батюшкой. Мужская форма — Батюшкин — встречается чаще, она фиксируется в писцовых книгах XVII века, например, в переписях Новгородской и Вологодской земель. Женское окончание на -а в фамилии Батюшкина — это либо современное замужнее положение, либо наследие северорусской традиции, где фамилии на -ина бытовали в качестве родовых прозваний у женщин.

Интересна социальная неоднозначность прозвища «Батюшка». Если предок был сыном священника, фамилия могла закрепиться за ним в быту, хотя в духовном сословии чаще давали фамилии по названию храма или по семинарской традиции. Но гораздо вероятнее, что прозвище Батюшка получил пожилой крестьянин или ремесленник, которого односельчане уважительно величали за возраст или авторитет. В этом случае фамилия Батюшкина — не указание на род занятий, а отражение личного прозвания, закрепившегося за потомками.

В отличие от фамилии Батюшков (с суффиксом -ов, который тоже встречается, но реже), форма на -ин более архаична и характерна для северных и центральных областей России. Встречаются также варианты Батюшков, Батькин, Батьков — все они однокоренные, но Батюшкина стоит особняком как наиболее ласкательная и прямая по смыслу форма, сохранившая уменьшительно-почтительный оттенок исходного слова.