Фамилия Байдуганов образована от тюркского имени Байдуган. Первая из них – Бай – в переводе с тюркского означает «князь, повелитель, начальник, руководитель, глава, хозяин, господин». Слово «бай» изначально употреблялись как древнетюркский военный термин, но с течением времени оно стало активно использоваться при образовании составных тюркских имен. Вторая часть имени – Дуган – происходит от слова «туган», которое означает «родственник, родной». Исходя из этого, имя Байдуган, а, соответственно, и фамилию Байдуганов, можно перевести как «родственник господина, князя».