Фамилия Байдуганов имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Байдуганов уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Байдуганов являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Байдуганов образована от тюркского имени Байдуган. Первая из них – Бай – в переводе с тюркского означает «князь, повелитель, начальник, руководитель, глава, хозяин, господин». Слово «бай» изначально употреблялись как древнетюркский военный термин, но с течением времени оно стало активно использоваться при образовании составных тюркских имен. Вторая часть имени – Дуган – происходит от слова «туган», которое означает «родственник, родной». Исходя из этого, имя Байдуган, а, соответственно, и фамилию Байдуганов, можно перевести как «родственник господина, князя». Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Байдуганов способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Байдуганов представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.