Фамилия Байдугановы образована от тюркского имени Байдуган. В её основе лежит составное имя, где первая часть «бай» переводится с тюркского как «господин, князь, повелитель». Изначально это был древнетюркский военный термин, но со временем он превратился в распространённый компонент при образовании имён. Вторая часть — «дуган» — восходит к слову «туган», то есть «родственник, родной». Таким образом, имя Байдуган, а вместе с ним и фамилия Байдуганов, означают «родственник господина» или «родственник князя».

Фамилия относится к распространённому типу древнейших восточных фамилий, корни которых уходят в XV–XVII века. Своим происхождением она обязана тюркским народам — выходцам из Золотой Орды, печенегам или половцам. В те времена многие нерусские дворяне поступали на службу к московским князьям, и их имена, прозвища и родовая принадлежность со временем оформлялись в русские фамилии с помощью суффикса -ов. Модель образования здесь типичная: к восточному имени Байдуган добавили русский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность к роду («чей?» — Байдуганов).

Стоит учесть, что вторая часть имени могла иметь и другое прочтение. В некоторых тюркских языках «дуган» (или «туган») означает ещё и «сокол». Если принять эту версию, то имя Байдуган переводится как «княжеский сокол» — то есть прозвище человека, который держал ловчих птиц для знатного вельможи или сам обладал качествами этой гордой птицы. Оба толкования возможны, но связь с понятием «родственник» выглядит более прямой и естественной для составного личного имени.

Фамилия не получила широкого распространения и остаётся достаточно редкой. Встречается она преимущественно на Южном Урале и в Западной Сибири — в регионах, где исторически был силён тюркский компонент. Это ещё раз подтверждает её происхождение: предки Байдугановых, скорее всего, были служилыми людьми или выходцами из тюркской среды, которые со временем влились в русское население и передали своё родовое имя потомкам.