Фамилия Баздуганов — редкий случай, когда основа почти наверняка не славянская, а тюркская, и образована по русской модели. В ней совместились два мира: корень из языка степных народов и типичный русский суффикс принадлежности -ов.

Скорее всего, в основе лежит тюркское слово «баздык» или «баздук». В татарском, башкирском и казахском языках «баздык» означает «затруднение», «помеха», «препятствие». Человек мог получить прозвище Баздык (или Баздук) за упрямство, за то, что он «вставлял палки в колёса», или, наоборот, за то, что сам постоянно преодолевал трудности. В тюркских языках есть и другое значение — «толстый, неповоротливый», что тоже могло стать прозвищем по внешности или характеру. Фамилия Баздуганов — это «сын Баздугана». Суффикс -ан в тюркских именах часто усиливает значение или указывает на носителя качества: Баздуган — «тот, кто создаёт помехи» или «толстяк».

Русский суффикс -ов присоединился уже в момент оформления фамилии, когда прозвище Баздуган русифицировали по стандартной модели: Баздуган → Баздуганов. Это типично для фамилий тюркского происхождения, которые фиксировались в русских документах XVI–XIX веков, особенно в Поволжье, Приуралье и Сибири. Носители фамилии, скорее всего, были выходцами из татар, башкир или других тюркских народов, перешедшими в православие или просто жившими в русскоязычной среде.

В отличие от распространённых фамилий на -ин, здесь нет указания на отчество от имени на -а. Модель Баздуганов — это фамилия-притяжательное от прозвища с тюркским корнем и русским окончанием. Встречаемость её крайне низкая, что говорит о происхождении из одного локального рода, возможно, из одной деревни или волости. Сравните с однокоренными фамилиями Баздырев, Баздыков — они тоже редки и держатся в тех же регионах.

Если искать альтернативную версию, можно предположить связь с диалектным русским словом «баздуга» — так в некоторых говорах называли крикуна или задиру. Но это маловероятно: слово не зафиксировано в авторитетных словарях, а тюркский корень даёт более убедительную и простую этимологию. Вариант с искажением фамилии Баздыганов (от «баздык») тоже возможен, но сути не меняет.