Фамилия Байдуганова образована от тюркского имени Байдуган, которое состоит из двух частей. Первая часть — «бай» — в переводе с тюркского означает «князь, повелитель, начальник, руководитель, глава, хозяин, господин». Слово «бай» изначально употреблялось как древнетюркский военный термин, но с течением времени стало активно использоваться при образовании составных тюркских имен. Вторая часть имени — «дуган» — происходит от слова «туган», что означает «родственник, родной». Исходя из этого, имя Байдуган, а соответственно, и фамилию Байдуганова, можно перевести как «родственник господина, князя».

Обратите внимание на фонетический переход: исходная тюркская основа «туган» (родственник) в составе имени превратилась в «дуган». Это характерное для многих тюркских языков озвончение начального согласного после звонкого окончания первого корня («бай» + «туган» → «Байдуган»). Такая деталь указывает на то, что имя бытовало в живой разговорной среде, а не было книжным или заимствованным позднее.

Представители фамилии Байдугановых встречаются в различных исторических источниках. В документах Республики Башкирия упоминаются Аймет Байдуганович Байдуганов, родившийся в 1902 году и проживавший в Байтурово Мишкинского района Башкирской АССР, а также Егор Байдуганович Байдуганов, родившийся в 1908 году и проживавший в Тюльды Калтасинского района Башкирской АССР. В документах Чувашской Республики содержится информация об Архипе Павловиче Байдуганове, родившемся в 1890 году в деревне Ново-Андиберово Яльчиковского района ЧАССР. Эти записи показывают, что фамилия была распространена среди башкир и чувашей — народов, испытавших сильное тюркское влияние, что подтверждает её происхождение.

Сама фамилия закрепилась по стандартной русской модели: к основе имени Байдуган добавили суффикс -ов, а затем окончание -а, указывающее на женскую форму (Байдуганова). Мужской вариант — Байдуганов. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Байдугановых можно лишь на основании генеалогических исследований.