Фамилия Байгудинова — женская форма фамилии Байгудинов, и её разбор стоит начать с мужского варианта, так как именно он хранит ключ к происхождению. В основе лежит сложное имя или прозвище Байгуда. Первая часть, «бай», в тюркских языках означает «богатый», «господин», «хозяин». Это один из самых распространённых компонентов в именах и фамилиях народов Поволжья, Урала и Средней Азии (сравните Байбулат, Байрам, Баймурза). Вторая часть — «гуда» — скорее всего, восходит к арабскому слову «худа» или «гуда», что значит «путь», «дорога», а в религиозном контексте — «истинный путь», «наставление» (отсюда же имя Гуда, Худай). Таким образом, Байгуда можно перевести как «богатый (высший) путь» или «господин истины». Имя могло быть дано как пожелание счастливой судьбы или как характеристика человека, который указывает верную дорогу.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Байгуда добавили патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Байгудин). Буква «о» в окончании женской формы — типичное русское окончание прилагательного. Такая модель широко распространена в среде татар, башкир, казахов и других тюркоязычных народов, которые в XIX–XX веках получали русские фамилии. Примечательно, что суффикс -ин в тюркских фамилиях встречается реже, чем -ов/-ев, что делает эту фамилию не самой типичной, но вполне закономерной.

Географически фамилия Байгудиновы (и Байгудинова) чаще всего встречается в Башкортостане, Татарстане, а также в Челябинской и Оренбургской областях. Это регионы, где исторически были сильны тюркские и исламские традиции, а имя Байгуда (или Гуда) могло быть частью местного именника. Встречается вариант написания Байгудин — без «ов» на конце, что указывает на прямое присвоение фамилии по отцу, когда суффикс -ин слился с основой. В современной записи Байгудинова — это именно женская форма, и её носительницы — потомки того самого Байгуды, человека с пожеланием богатого и праведного пути.