Фамилия Байханов — редкий случай, где тюркская основа сочетается с русским патронимическим суффиксом. Её ядро — слово «бай», которое в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском, ногайском) означает «богатый», «господин», «хозяин». Второй элемент, «хан», — титул верховного правителя. Получается составное имя-титул Байхан: «богатый хан» или «господин-хан». Такие двусоставные имена были распространены у тюркских народов, особенно в Поволжье и на Кавказе, где «хан» мог быть не столько реальным титулом, сколько пожеланием знатности или уважительным прозвищем.

Суффикс «-ов» делает фамилию типично русской по форме: Байханов — «сын (или потомок) Байхана». Это указывает на то, что предки носителя фамилии жили в среде, где русская административная система фиксировала фамилии по отчеству. Чаще всего такие фамилии встречаются у татар, башкир, кумыков, чеченцев и ингушей. В среде русских старообрядцев или казаков фамилия могла появиться, если тюркское прозвище дали человеку за богатство или властный характер, но это маловероятно: большинство Байхановых имеют явные тюркские корни.

В отличие от фамилий с «-ин» (Байханкин), модель на «-ов» говорит о более поздней русификации — скорее всего, в XIX — начале XX века, когда многие нерусские народы получали фамилии по отцам. Если ваш предок был Байхан, он мог быть зажиточным крестьянином, мелким торговцем или старшиной в ауле, но не обязательно ханом: в народной ономастике «хан» часто был просто уважительным прозвищем, как «князь» у русских.

Спорных версий у фамилии немного. Можно было бы предположить, что основа — «байх» (от тюркского «байык» — «высокий»), но тогда форма была бы Байхов или Байкин. Вариант «Байханов» однозначно указывает на двухкорневую структуру. Встречаются однокоренные фамилии: Байханов, Байхан, Байханова — и более редкие Байханович, Байхановский, но последние, скорее, искусственные или польско-белорусские переделки.

Географически фамилия распространена в Татарстане, Башкортостане, Чечне, Дагестане, а также среди казахской диаспоры. В дореволюционных источниках Байхановы фиксируются как мещане, купцы и духовные лица (муллы) в Казанской и Уфимской губерниях. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией в общероссийском масштабе нет, что типично для фамилий, не попавших в дворянские родословные книги.