Фамилия Байкуниров — тюркская по происхождению, и её разбор лучше начать с корня, а не с суффикса. Основа «Байкунир» или «Байконыр» — сложное имя или прозвище, где первая часть «бай» означает «богатый», «господин», «хозяин», а вторая восходит к древнетюркскому «куныр» или «коныр» — «смуглый», «темный», «бурый». В целом имя Байкунир (Байконыр) переводится как «богатый смуглый» или «темный господин» — скорее всего, так называли человека с тёмными волосами или кожей, но с достатком и положением.

Формант «-ов» в конце — русский патронимический суффикс, который добавили при русификации фамилии. Это типично для многих казахских, татарских и башкирских фамилий, которые в XIX–XX веках адаптировали под русскую модель: к основе прибавляли -ов или -ев, чтобы указать на принадлежность роду. То есть Байкуниров — буквально «сын Байкунира» или «из рода Байкунира».

Географически фамилия тяготеет к казахским степям и Южному Уралу. Известный топоним — космодром Байконур, и хотя название города и фамилия звучат похоже, прямой связи тут нет. Байконур как топоним тоже состоит из «бай» и «коныр», но в значении «богатая (плодородная) долина» или «бурый холм». Фамилия же образована от личного имени, а не от названия местности.

Встречается вариант написания Байконыров — через «о» во втором слоге, что ближе к исходному тюркскому произношению. Оба варианта считаются корректными, но в русских документах чаще фиксируется Байкуниров, с «у», как в слове «куница» — это результат адаптации звука «о» в безударной позиции.

Сословно носители фамилии могли быть из зажиточных крестьян, скотоводов или мелкой знати — степных баев. Суффикс «-ов» не даёт указания на дворянство, так как в тюркской среде его добавляли всем, кто получал фамилию при переписях. Более точную информацию о конкретной ветви рода можно найти только в региональных архивах — метрических книгах Оренбургской, Тургайской или Уральской областей.