Фамилия Баймульдина — женская форма фамилии Баймульдин, и её разбор стоит начать с того, что сразу бросается в глаза: основа «Баймульд-» не похожа на привычные русские корни. Это типичный пример фамилии, образованной от тюркского имени или прозвища, и в ней отчётливо слышны два компонента: «бай» и «мульд(а)».

Первая часть, «бай», в тюркских языках (казахском, башкирском, татарском) означает «богатый», «господин», «хозяин». Это частый элемент в именах и фамилиях, указывающий на достаток, знатность или уважение (ср. Баймуратов, Байтуганов). Вторая часть сложнее. «Мульда» или «мульд» — слово с несколькими значениями. В казахском языке «мұлда» — это «мулла», мусульманский священнослужитель, грамотей. В тюркских диалектах «мульда» могло означать и просто «учёный», «наставник». Таким образом, Баймульда — это составное имя: «богатый мулла» или «господин-учёный». Вряд ли оно описывало реальное имущественное положение — скорее, это пожелательное имя, которое родители давали сыну, надеясь, что он вырастет уважаемым и образованным человеком.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ин, который в русском языке присоединяется к основам на -а: Баймульда → Баймульдин → Баймульдина. Это типичная притяжательная форма, отвечающая на вопрос «чей?»: сын или потомок Баймульды. Поскольку фамилия несёт явные следы тюркского происхождения, её носители, скорее всего, из среды башкир, татар или казахов, у которых в XIX — начале XX века при переписях и паспортизации фиксировали фамилии по отцу (отачество) с добавлением русского окончания.

Географически фамилия Баймульдина встречается в основном в регионах с тюркским населением: в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях, а также в северных районах Казахстана. Спорных версий у этой фамилии почти нет — тюркская основа очевидна, а попытки вывести её из арабского или монгольского корней выглядят натяжкой, так как «мульда» в значении «мулла» прочно закрепилась именно в тюркской среде.