Фамилия Байсалканова звучит как типичная тюркская фамилия, прошедшая через русскую грамматику. Её основа — мужская форма Байсалканов, к которой добавили суффикс -а, указывающий на женскую линию (жена или дочь). Но разговор о фамилии стоит начать с корня «Байсалкан».

«Бай» в тюркских языках — «богатый», «знатный», «господин». Вторая часть, «салкан», менее прозрачна. Скорее всего, это искажённое или диалектное имя Салкан (Салхан). В казахском и ногайском именослове встречается имя Салхан, где «сал» может означать «ставить», «класть», а «хан» — «правитель». В таком случае «Байсалхан» — «богатый хан» или «знатный правитель». Но есть и другая версия: «салкан» могло быть прозвищем от слова «сал» (плот) — «плотогон» или «перевозчик». Тогда Байсалкан — «богатый перевозчик», что звучит как прозвище зажиточного человека, владевшего переправой.

Фамилия образована по русской модели: к тюркскому имени или прозвищу Байсалкан добавили притяжательный суффикс -ов. Для тюркских фамилий в России это стандарт: так появились Баймуратовы, Байтугановы, Байсалкановы. Суффикс -ов указывает на принадлежность роду Байсалкана — то есть предок носителя прямо назывался Байсалкан.

Географически фамилия встречается у народов Северного Кавказа, особенно у балкарцев и карачаевцев, а также у казахов. В балкарском языке «бай» — «богатый», а «салкъын» — «прохлада», «тень». Если это не случайное совпадение, то Байсалкан могло означать «богатая тень» — метафора для гостеприимного человека, у которого всегда есть прохлада и кров для путников. Впрочем, это менее вероятно, чем антропонимическая версия с именем Салхан.

Сословно фамилия не привязана к дворянству. Чаще всего её носили крестьяне и скотоводы, но основа «бай» говорит о том, что предок выделялся достатком или положением среди соплеменников. В XIX веке такие фамилии фиксировали у горских народов при переписях, когда людям давали «русские» окончания к их родовым именам.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Байса́лканова. В тюркских языках ударение обычно на последнем слоге, но в русифицированной форме оно сместилось к центру.