Фамилия Байсалкаова — женская форма фамилии Байсалкаов, и её происхождение напрямую связано с мужской основой. Чтобы понять значение, нужно разобрать мужской вариант. Он образован по типичной русской модели с суффиксом -ов, который присоединяется к основе. Основа здесь — прозвище или имя Байсалка. Но это не русское слово: суффикс -ов в таких фамилиях часто указывает на адаптацию нерусского имени или прозвища.

Скорее всего, корень «Байсал» — тюркского происхождения. В тюркских языках «бай» означает «богатый», «господин», «знатный», а «сал» может восходить к глаголу со значением «класть», «ставить», либо к слову «сал» — «плот» или «остров». Реже «сал» встречается как часть личного имени (например, Сал — сокращение от Салих). Таким образом, Байсалка могло быть сложносоставным именем-пожеланием: «богатый и щедрый», «знатный устроитель» или «господин с острова». Суффикс -ка в основе — характерный для тюркских языков уменьшительно-ласкательный или адаптационный элемент, который при переносе в русскую среду стал частью фамилии.

Географически фамилия редкая. Её ареал, скорее всего, связан с регионами, где исторически смешивались русское и тюркское население: Северный Кавказ, Поволжье, Приуралье. Встречаемость Байсалкаова в современных базах данных очень низкая, что говорит о локальном бытовании — возможно, в одном или нескольких селах.

О сословии носителей судить сложно из-за редкости. Но тюркская основа и отсутствие дворянского суффикса (-ский) указывают на крестьянское или казачье происхождение. Фамилия могла закрепиться за целым родом, где предка звали Байсалкой и он, вероятно, был уважаемым человеком — старостой, торговцем или зажиточным хозяином. Более точных данных нет, поэтому это лишь наиболее вероятная реконструкция.