Фамилия Байсалыкова образована от мужского мусульманского имени Байсалык, что сразу указывает на её восточные корни. В основе имени лежит сложная конструкция из двух значимых частей. Первая часть, «бай», восходит к древнеарабскому слову со значением «хозяин», «богатый», «могущественный человек» — в тюркских языках этот компонент до сих пор используется как символ изобилия и высокого положения. Вторая часть, «салык», тюркского происхождения, означает «идущий» или «придерживающийся определённого религиозного направления». Если соединить обе части, получается ёмкая характеристика: «идущий господин» или «богатый последователь».

Сама модель фамилии — на -ов/-ева — типична для русской адаптации тюркских имён. Суффикс указывал на принадлежность: Байсалыкова — дочь или жена человека по имени Байсалык. Встречается и мужской вариант, Байсалыков, но женская форма нередко закреплялась в документах как основная, если родословная велась по материнской линии или в записях фигурировала вдова.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически пересекались тюркские и арабские влияния: Казахстан, Башкортостан, Татарстан, а также северокавказские республики. Встречается она реже, чем однокоренные Байсаров или Байсалиев, что говорит о локальном бытовании исходного имени Байсалык — возможно, в рамках одного рода или небольшой этнической группы.

Процесс закрепления фамилий у тюркских народов шёл неравномерно: у оседлых групп — раньше, у кочевых — позже, вплоть до начала XX века. Поэтому определить точное место и время возникновения рода Байсалыковых можно только через генеалогические изыскания — метрические книги, ревизские сказки или шежере (родословные). Но уже сейчас ясно: фамилия несёт в себе память о предке, которого окружающие уважительно называли «богатым идущим» — человеком достатка и твёрдых религиозных убеждений.