Фамилия Байшагиров — редкая, даже по меркам тюркских фамилий, и её разбор требует осторожности. В ней сразу видны два компонента: «Бай» и «шагир». Первый элемент, «бай», в тюркских языках означает «богатый», «господин», «хозяин». Это очень распространённый компонент в фамилиях и именах (Баймуратов, Байсаров, Байрамов). Второй корень — «шагир» — почти наверняка восходит к арабскому «шакир» (شاكر), что значит «благодарный». В тюркскую среду это слово попало через ислам, как и множество других арабизмов. Таким образом, имя Байшагир, от которого пошла фамилия, можно перевести как «богатый благодарностью» или «щедрый благодарный человек» — составное имя с пожелательным смыслом, типичное для мусульманской ономастики.

Суффикс «-ов» в окончании указывает на русскую модель образования фамилий, которая в XIX–XX веках закрепилась за многими тюркскими родами, попавшими в документы Российской империи. Буквально Байшагиров означает «потомок Байшагира». Фамилия могла возникнуть в среде башкир, татар или казахов, где такие двухосновные имена на «бай» были особенно популярны. Географически её стоит искать в Оренбургской, Челябинской областях или Башкортостане — в зоне активного смешения тюркского и русского делопроизводства.

В отличие от фамилий на «-ов», образованных от ремёсел (Кузнецов) или внешности (Горбунов), Байшагиров — чисто именная, патронимическая фамилия. Она не говорит о занятии предка, а только о том, что его звали Байшагир. Никакой достоверной информации о сословной принадлежности носителей нет: среди владельцев этой фамилии могли быть и крестьяне, и служилые люди. Других версий происхождения, кроме тюркско-арабской, у этой фамилии нет — попытки вывести «шагир» из славянских корней лишены лингвистического смысла.