Фамилия Байту — редкая и нестандартная для русского уха. Её происхождение, скорее всего, не славянское, а тюркское или кавказское. В русской антропонимике фамилии, оканчивающиеся на -у, почти всегда являются заимствованными и не склоняются по падежам.

Самый прямой путь к разгадке — разобрать основу «Байту» на составные части. В тюркских языках «бай» означает «богатый, господин, хозяин». Это один из самых распространённых компонентов в тюркских именах и прозвищах (ср. Байрам, Байбулат, Баймурза). Вторая часть «ту» может быть вариантом слова «туу» (рождение) или «тут» (держать, содержать). Таким образом, наиболее правдоподобная версия: Байту — это усечённая форма от имени-пожелания вроде Байтуган («рождённый богатым») или Байтут («держащий богатство»). Со временем в русской среде или при записи в документах длинное имя сократили до основы, а суффикс -ов/-ев не добавили, закрепив форму в именительном падеже.

Вторая версия — географическая. Фамилия могла возникнуть от топонима Байту. Такие названия встречаются в Башкортостане (деревня Байту), в Казахстане и в горных районах Кавказа. Предка, переселившегося из такого села, могли записать по месту выхода: «Иван из Байту». В этом случае фамилия не несёт прямого значения, а лишь указывает на родину.

Суффиксальная модель здесь отсутствует в привычном русском понимании (нет -ов, -ин, -ский). Это говорит о том, что фамилия закрепилась в своей первоначальной, неизменяемой форме. Такое часто случалось с фамилиями нерусского населения, особенно в южных и восточных губерниях Российской империи, где при переписях не всегда добавляли русские окончания.

Сословная принадлежность носителей фамилии Байту могла быть разной. Если исходное имя было прозвищным («богатый господин»), то предок мог быть зажиточным крестьянином, старшиной или мелким землевладельцем. Если же фамилия топонимическая, то это просто указывает на место жительства, без привязки к достатку.

Однокоренные фамилии, которые встречаются чаще, — Байтуганов, Байтуков, Байтурин. Они образованы по полной русской модели и дают больше подсказок для этимологии. Байту стоит в этом ряду особняком как пример фамилии, застывшей в своей исходной, неадаптированной форме.