Фамилия Байтуганов образована от тюркского Байтуган, которое является составным и восходит к двум основам: «бай» и «туган». Первая из них – «бай» – переводится на русский язык как «богач, богатый, зажиточный человек». Вторая часть имени Байтуган – «туган» – означает «родственник, родной». Это слово известно у тюркских народов Кавказа и Средней Азии и связано с глаголом «родиться». В тюркских языках слово «туган» также имеет значение «сокол».