Фамилия Бажакупов — яркий пример сложения двух основ, характерный для тюркских фамилий, но адаптированный русским суффиксом. Разобрать её стоит с конца: суффикс -ов указывает на то, что перед нами русифицированная фамилия, а не исконно тюркская форма на -улы или -оглы. Основа же — «Бажак-уп» — распадается на две части.

Первая часть, «Бажак», скорее всего, восходит к казахскому или тюркскому слову «бажак» (бажа) — так называют мужа сестры жены, то есть свояка. В тюркской среде это не просто родственная связь, а устойчивое прозвище или даже личное имя, которое давали ребёнку, родившемуся в семье, где были такие отношения. Вторая часть, «-уп», — это искажённое тюркское «улы» или «улы» (сын), которое в русской записи часто превращалось в «-уп» или «-ов». Таким образом, Бажакупов буквально означает «сын Бажака» или «потомок свояка».

С географической точки зрения фамилия почти наверняка имеет казахские корни. Встречается она в основном в Казахстане и среди казахов, живущих в приграничных регионах России (Астраханская, Оренбургская области). Русская приставка -ов здесь — результат канцелярской записи XIX века, когда тюркские фамилии массово «обрусевали» для унификации документов.

Интересно, что однокоренные фамилии — Бажаев, Бажанов — образованы от того же «бажа», но без указания на сына. Бажакупов же сохранил более архаичную конструкцию, что делает его ценным для ономастики: по нему можно проследить, как тюркские патронимы (отчества) превращались в фамилии. Сословно предки носителя фамилии, вероятно, были скотоводами или крестьянами, жившими в аулах, поскольку фамилия не встречается в списках дворянства или купечества.

Версия, что «Бажак» может быть искажённым арабским именем Бажак (редкая форма от Бадр — «полная луна»), менее вероятна: в тюркской ономастике «бажа» как термин родства встречается гораздо чаще, чем заимствованное имя.