Фамилия Беденко — одна из тех, что прямо указывает на социальное или имущественное положение предка. В её основе лежит прозвище Бедный, которое в крестьянской среде было не столько оскорблением, сколько бытовой характеристикой. Так могли назвать небогатого, неимущего человека, того, кто едва сводил концы с концами. Реже прозвище закреплялось за хозяином, чей надел приносил скудный урожай — в нечернозёмных губерниях это было делом обычным. Не исключено и другое: Бедным могли прозвать человека, перенёсшего много лишений, будь то голод, разорение или потеря семьи.

По модели образования фамилия Беденко — типичный пример украинского или южнорусского ономастикона. Суффикс -енко указывает на «малого», сына или потомка: Беденко буквально означает «сын Бедного». Такие фамилии массово формировались на землях современной Украины и в приграничных областях России (Курская, Воронежская, Белгородская губернии) в XVI–XVIII веках. В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, которые закрепились в официальных документах раньше, «енковские» фамилии дольше сохраняли связь с прозвищем отца.

Важно не путать фамилию с созвучными Бедов, Бедняков или Бедрин — у них другое происхождение. Беденко же прямо восходит к прилагательному «бедный», без промежуточных уменьшительных или ироничных форм. Встречаются варианты написания Беденко (с ударением на второй слог) и Бедёнко, но последний — скорее результат диалектного произношения на юге России.

Сословной привязки у фамилии нет: её носили как государственные крестьяне, так и казаки, и мещане. В ревизских сказках XVIII — начала XIX века Беденко встречаются среди однодворцев (потомков служилых людей, живших на южных окраинах) и среди казачьих семей Черниговщины и Полтавщины. Никакого «дворянского» или «купеческого» следа у фамилии нет — она осталась верна своему корню.