Основой фамилии Беднягин послужило мирское имя Бедняга. Мирское имя Бедняга восходит к аналогичному существительному, имеющему значение «несчастный человек». Скорее всего, это имя выполняло так называемую «охранительную функцию». В данном случае, надеясь иметь счастливого мальчика, которого всегда сопровождала бы удача, родители назвали его Беднягой. Менее вероятно, что в основе фамилии лежит прозвище Бедняга, которым нарекли человека, в чьей жизни произошло много несчастных событий. Существует гипотеза, по которой прозвище Бедняга восходит к прилагательному «бедный». В этом случае прозвище Бедняга указывало на социальный статус родоначальника Беднягиных. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Бедняга, со временем получил фамилию Беднягин.