Фамилия Беднягин образована по самой распространённой в русской ономастике модели — от личного имени или прозвища с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Беднягин буквально означает «сын Бедняги» или «человек из рода Бедняги». Такая модель типична для фамилий, образованных от основ, оканчивающихся на -а или -я, и в этом смысле Беднягин стоит в одном ряду с Путятиным, Ильиным или Фоминым.

Основой фамилии послужило мирское имя Бедняга. В древнерусской традиции мирские имена не были редкостью — их давали в дополнение к крестильному, часто с охранительной целью. Скорее всего, имя Бедняга выполняло именно такую функцию: родители нарекали сына «несчастным», чтобы обмануть злые силы и уберечь ребёнка от настоящих бед. По той же логике появлялись имена Некрас, Нелюб, Немил. Надеясь, что мальчика всегда сопровождала бы удача, его называли Беднягой — с обратным смыслом.

Менее вероятно, что в основе лежит прозвище, данное взрослому человеку, в чьей жизни произошло много несчастных событий. Прозвища такого рода закреплялись за конкретным человеком по реальному признаку, но в случае с Беднягиными охранительная версия выглядит правдоподобнее — она объясняет, почему имя, имеющее негативный оттенок, могли дать новорождённому.

Существует и гипотеза, связывающая прозвище Бедняга с прилагательным «бедный». В этом случае оно указывало бы на социальный статус родоначальника Беднягиных — человека небогатого, возможно, крестьянина или ремесленника низкого достатка. Однако против этой версии говорит то, что прямых указаний на имущественное положение в прозвище обычно не вкладывали: скорее, называли «бедняком» того, кто вызывал жалость или сочувствие, а не просто был небогат.

Фамилия Беднягин не относится к числу широко распространённых, её географическое бытование сосредоточено в центральных и северных областях России, что типично для фамилий с суффиксом -ин. О точном месте и времени возникновения фамилии сейчас говорить сложно — процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, с XVI по XIX век, и письменные источники фиксируют далеко не все локальные варианты.