Фамилия Бегемотов — один из тех редких случаев, когда русская фамилия образована от названия экзотического животного. Вопреки возможному шутливому подтексту, её происхождение чаще всего связано не с прозвищем тучного или неповоротливого человека, а с историей церковных и мирских имён.

Основа фамилии — слово «бегемот». В русский язык оно попало через церковнославянский перевод Библии, где бегемотом называли крупное травоядное животное (скорее всего, гиппопотама или слона). В Древней Руси это слово было книжным и редким, но могло войти в обиход в качестве неканонического имени. До XVIII века на Руси были распространены «охранительные» имена-обереги от зверей: Медведь, Волк, Сокол. Бегемот в этом ряду стоит особняком — это не деревенское прозвище, а скорее семинарская или искусственная фамилия.

Вероятнее всего, фамилия Бегемотов появилась в среде духовенства. В XVIII–XIX веках семинаристам нередко давали «говорящие» фамилии при поступлении в училище — по названиям растений, камней, мифических или библейских животных. Бегемотов мог получить ученик за крупное телосложение, громкий голос или просто по прихоти наставника, перебиравшего библейские образы. Такая версия подтверждается тем, что фамилия встречается в основном в центральных губерниях России, где были сильны духовные школы, а не в казачьих или крестьянских регионах.

Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий: «чей?» — то есть сын Бегемота. Если бы фамилия возникла в среде крестьян, она, скорее всего, имела бы уничижительную форму (Бегемоткин) или была бы образована от реального животного, которого крестьяне видели вживую. Бегемота в средней полосе России никто не видел, поэтому фамилия — книжного, «кабинетного» происхождения.

Встречается и крайне редкая версия: фамилия могла быть русификацией немецкой фамилии Behemoth или польской Begiemot, но документальных подтверждений этому нет. В любом случае, Бегемотов — фамилия немногочисленная, в списке 500 самых частых русских фамилий она отсутствует. Её носители — потомки, скорее всего, одного или нескольких священников, получивших необычное «библейское» прозвание.