Фамилия Бекмуратова образована от мужского имени Бекмурат, которое широко распространено у тюркских народов. Это составное имя: первая часть «бек» означает «господин, князь, правитель», вторая часть «мурат» восходит к арабскому «мурад» — «желание, цель, намерение». В целом имя Бекмурат можно перевести как «господин, достигший цели» или «княжеское желание». Женская форма фамилии указывает, что её носительница — дочь или жена человека по имени Бекмурат.

По суффиксу -ова фамилия относится к самому массовому типу русских фамилий, но образована она не от славянского, а от тюркского имени. Такие фамилии в основном встречаются у народов Северного Кавказа, татар, башкир, казахов и других тюркоязычных групп, которые в XIX–XX веках входили в состав Российской империи. В русской документации фамилию записывали по модели «имя отца + -ов/-ев», поэтому Бекмуратовы — это «дети Бекмурата».

С точки зрения социальной истории, носители имени Бекмурат могли принадлежать к разным слоям. «Бек» в составе имени часто указывало на знатное происхождение или на принадлежность к военно-служилому сословию у кочевых народов. Однако к моменту фиксации фамилий в метрических книгах это имя уже не гарантировало высокого статуса — его давали и простым крестьянам, и ремесленникам, просто следуя традиции.

Встречаются варианты написания: Бекмуратов, реже Бекмурад. Второй вариант ближе к арабскому произношению имени, но в русской передаче закрепилась форма с «т» на конце. Фамилия довольно редкая за пределами регионов традиционного проживания тюркских народов, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: предки носителя почти наверняка жили в Поволжье, на Урале, в Казахстане или на Кавказе.