Фамилия Бекунин — редкий случай, когда основа почти наверняка связана с тюркским именем, а не с русским прозвищем. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Бекунин — это «чей?» — сын или потомок человека по имени Бекун. Само имя Бекун — это уменьшительная или обиходная форма от тюркского «бек» (князь, господин, повелитель). В тюркских языках, особенно в татарском, башкирском и казахском, имена с корнем «бек» были широко распространены: Бекмурат, Бекбулат, Бексултан. Форма Бекун могла возникнуть как ласкательное сокращение или как самостоятельное имя.

Модель образования фамилии типична для русской ономастики, но с нерусской основой. В XVI–XVII веках, когда служилые татары и представители других тюркских народов переходили на русскую службу и крестились, их имена часто русифицировали через суффикс -ин. Так появились Беклемишевы, Бекетовы, Бековы. Бекунин стоит в том же ряду. Фамилия могла закрепиться за крещёным татарином или башкиром, который в документах записывался как «Бекун сын такой-то».

Географически фамилия тяготеет к регионам бывшего Казанского ханства и Поволжья. Встречается она редко, в основном в Татарстане, Башкортостане, а также в Удмуртии и Кировской области — территориях, где исторически жили тюркские народы вперемешку с русским населением. В центральных русских губерниях Бекунины почти не фиксируются, что подтверждает версию о локальном тюркском происхождении.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия. В русских говорах слово «бекун» могло быть прозвищем от глагола «бекать» — издавать звук «бе», как овца. Так могли дразнить заику или человека с невнятной речью. Но эта гипотеза слабее: во-первых, прозвище Бекун нигде не зафиксировано в письменных источниках как самостоятельное; во-вторых, фамилии на -ин от прозвищ животных обычно образуются иначе (Баранов, Овчинников). Так что тюркский след — основная и самая логичная версия.

По сословной принадлежности Бекунины, скорее всего, были не дворянами, а государственными крестьянами или однодворцами. Дворянские роды с такой фамилией в «Общем гербовнике» не значатся. Это фамилия простого служилого человека или крестьянина, чей предок носил гордое имя, означавшее «князь» или «господин», — ирония истории, но в русской ономастике такое встречается часто.