Фамилия Белобокая — редкий случай, когда прозвище, данное человеку по внешнему признаку, застыло в форме прилагательного женского рода. В русской ономастике такой тип фамилий (на -ая/-яя) характерен в основном для южных и западных регионов, особенно для украинских и белорусских земель, а также для южнорусских областей. В отличие от привычных «мужских» фамилий на -ов, -ин или -ский, форма Белобокая указывает на то, что прозвище закрепилось за женщиной — либо вдовой, либо главой рода, либо просто за человеком, которого в быту называли по этому признаку. Впоследствии фамилия могла передаваться детям без изменения окончания.

Основа фамилии — прилагательное «белобокий», то есть «с белым боком». В крестьянской среде так могли прозвать человека по цвету одежды, по седине на висках, по светлой коже или даже по внешности домашнего скота. Но есть и другая, более конкретная версия: прозвище Белобокая могло относиться к женщине, которая носила характерную белую верхнюю одежду — например, белый кожух или свиту с белой отделкой. В некоторых говорах «белобока» называли также сороку-белобоку, и прозвище могло иметь ироничный оттенок — болтливая, заметная женщина.

С точки зрения словообразования фамилия стоит в ряду таких же «цветных» прозвищных фамилий, как Чернобровая, Красноглазая, Сиволапая. Суффикса -ов/ев здесь нет, что говорит о более раннем, архаичном способе закрепления родового имени. Аналог в мужском роде — Белобокий — встречается чаще, но фамилия в женской форме нередко сохранялась в тех семьях, где род велся по материнской линии или где прозвище дали именно матери-основательнице рода.

Географически фамилия Белобокая тяготеет к югу России и Украине: её можно встретить в документах по Курской, Воронежской, Харьковской губерниям. В центральных и северных областях России преобладала бы форма Белобоков или Белобокин. По сословию носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянам или однодворцам — потомкам служилых людей, поселенных на южных рубежах. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что логично: прозвище слишком бытовое и описательное для аристократического герба.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) эта фамилия не выделяется отдельно, но попадает в общий разряд «прозвищных» на -ий/-ая. Устойчивой альтернативной версии происхождения — от географического названия или от имени — нет, и она не нужна: прозрачная основа сама говорит о том, что предок получил своё прозвание за заметную внешнюю черту.