Фамилия Белобоковы (в мужском варианте — Белобоков) происходит от прозвища Белобокий. Слово «белобокий» означает «с белыми боками», и вряд ли такое прозвище давали бледнокожему или незагорелому человеку. Скорее всего, Белобоким называли мужчину, который носил белоснежные, чистые рубашки — эта деталь одежды выделяла его среди окружающих. Со временем прозвище закрепилось как семейное именование и перешло в фамилию по стандартной восточнославянской модели: к основе на -ий присоединили суффикс -ов, получив Белобоков.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Белобокого». Такая модель в XVI–XVII веках стала основной для формирования русских фамилий у крестьян, мещан и служилых людей. В отличие от фамилий на -ин (от основ на -а/-я) или -ский (от географических названий), Белобоков — типичный пример притяжательного образования от прозвища, описывающего внешний признак или привычку.

Однокоренные фамилии — Белобок, Белобокий, Белобоковский — встречаются реже. В некоторых говорах «белобокий» могло относиться и к животному с белой отметиной на боку (например, к корове или лошади), но в качестве человеческого прозвища это маловероятно: скорее, прозвище метило опрятность, а не сходство с мастью.

Точное время и место возникновения фамилии Белобоковы установить без архивных разысканий сложно. Фамилия не относится к числу распространённых аристократических — её носители, вероятно, были крестьянами или посадскими людьми из центральных или южных областей России, где прозвища по внешним признакам и одежде бытовали особенно часто.