Фамилия Белобородько образована от прозвища Белобород — так на Руси называли человека с белой, седой или очень светлой бородой. Прозвище могло закрепиться за пожилым человеком, за тем, кто рано поседел, либо за мужчиной с настолько светлыми волосами, что борода казалась белой. В этом смысле фамилия входит в обширный ряд «цветных» прозвищных фамилий: Чернобородько, Рыжебородько, Долгобородько.

Особенность этой фамилии — суффикс -ько. В украинской ономастике он выполняет две функции. Первая — уменьшительно-ласкательная, как в словах «батько», «братик». Вторая, более важная для фамилий, — указание на молодого или младшего члена семьи. Белобородько буквально означает «маленький Белобород» или «сын Белоборода». Такая модель типична для Левобережной Украины и юга России, где в XVII–XVIII веках активно формировались казацкие фамилии. По сути, Белобородько — это не просто «человек с белой бородой», а скорее «потомок того, кого прозвали Белобородом».

Менее вероятная, но допустимая версия: фамилия могла возникнуть не из прозвища, а из мирского имени Белобород. В дохристианской традиции имена, данные по внешним признакам, давали как обереги — чтобы ребёнок, названный Белобородом, не поседел рано или, наоборот, дожил до седины.

Встречаются и однокоренные варианты: Белобородов (русская форма с суффиксом -ов), Белоборода (без суффикса, как прозвище-фамилия), Белобородый (качественное прилагательное). Но именно форма на -ько чётко указывает на украинское происхождение и на то, что предок носителя фамилии жил в среде, где такие «сыновьи» фамилии были нормой — скорее всего, среди казачества или крестьянства южных губерний Российской империи.