Фамилия Белоненко — характерный пример восточнославянской модели фамилий на -енко. Этот суффикс (вместе с -ук/-юк, -ович/-евич) был особенно распространён на землях современной Украины и Беларуси, где указывал на происхождение: «сын такого-то» или «потомок такого-то». То есть, Белоненко — это, в первую очередь, «сын Белона» или «потомок Белого». Прозвище Белый — одно из древнейших в славянском мире, и у него два главных значения.

Первое и самое очевидное — внешность. «Белым» могли назвать человека со светлыми волосами и кожей, альбиноса или просто выделяющегося бледностью. Второе — переносное: нравственная чистота, честность, неподкупность. В крестьянской среде прозвище Белый могло также указывать на хозяина, свободного от барщины, или на «обеленного» (освобождённого от податей) крестьянина. Социальный оттенок здесь не менее важен, чем цвет волос.

Есть и менее очевидная, но любопытная гипотеза — семинарское происхождение. В духовных училищах будущим священникам нередко давали фамилии, образованные от латинских или греческих слов, чтобы отойти от бытовых прозвищ. Латинское belon (игла) могло лечь в основу фамилии Белоненко. Такую фамилию мог получить семинарист, которого за острый ум, колкость или целеустремлённость прозвали «Иглой». Однако эта версия менее вероятна, чем народная: фамилии на -енко — массовая модель именно для простых сословий, а не для духовенства, которое чаще получало фамилии на -ский.

В любом случае, корень «бел» в фамилии Белоненко — общеславянский и очень древний. Он лёг в основу десятков фамилий: от простых Белов и Белых до сложных Белозёров и Белокопытов. Белоненко стоит в этом ряду особняком именно благодаря суффиксу, который чётко указывает на географию фамилии: её корни — в южнорусских или украинских землях, где модель на -енко была основной формой для обозначения потомков.