Фамилия Белоногин — это классический пример русской фамилии, образованной от прозвища через суффикс принадлежности -ин. Модель проста: прозвище Белоногий → Белоногин, то есть «сын Белоногого» или «из семьи Белоногого». Суффикс -ин, в отличие от -ов, обычно присоединялся к основам на -а/-я, но здесь он встал на место окончания прилагательного, что встречается реже, но грамматически верно для фамилий, образованных от качественных прозвищ.

Что могло означать само прозвище? Самое прямое прочтение — человек со светлой кожей ног. В крестьянской среде, где большую часть года ходили босиком или в лаптях, загорелые ноги были нормой, а белая кожа выделяла человека. Но обувь белого цвета — версия менее убедительная: белая обувь на Руси была редкостью, скорее праздничной или монашеской.

Интереснее переносное значение. Белоногим могли назвать изнеженного, барского человека, который не занимался тяжёлым трудом и не пачкал ног. В этом смысле прозвище смыкается с социальной характеристикой: «белая кость», «белоручка». Такое именование могло быть как насмешливым, так и уважительным — в зависимости от контекста.

Есть и третья, ремесленная версия. В северных говорах «белоножка» — это деталь деревянной конструкции: резная подстава под лавку, брус на мельничных вешняках. Если предок был плотником или мельничным мастером, он мог получить прозвище по инструменту или детали, с которой работал. Такие «профессиональные» прозвища в русской ономастике обычны, хотя в случае Белоногин эта версия менее вероятна, чем описательная — слишком уж прозрачна основа «белые ноги».

О реальном носителе известно немного. В Книге памяти Калининской области записан торговец Белоногин Василий Алексеевич, 1871 года рождения, уроженец города Красный Холм (тогда — Бежецкий округ Московской области). Красный Холм — старый купеческий город, и то, что Белоногин был торговцем, не случайно. Возможно, прозвище его предка, указывавшее на «чистые руки» или состоятельность, со временем закрепилось за купеческой династией.