Фамилия Белоногин происходит от прозвища Белоногий, которое образовано от прилагательного «белоногий». Вероятно, так прозвали человека со светлой кожей или того, кто ходил в обуви белого цвета. Однако не исключено, что прозвище Белоногий имеет переносное значение и указывает не на особенности внешнего вида, а на характер или на социальное положение предка. В этом случае Белоногим могли прозвать изнеженного, избалованного или состоятельного человека. Согласно другой версии, прозвище Белоногий этимологически связано с существительным «белоножка». Белоножкой называли резную подставу под лавку, лицевую ножку, а также брусья, стояки, установленные в лежень на мельничных вешняках. Тогда прозвище Белоногий относится к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности человека: он мог быть плотником. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Белоногий, со временем получил фамилию Белоногин. Так, в Книге памяти Калининской области записан торговец Белоногин Василий Алексеевич, который родился в 1871 году в городе Красный Холм Бежецкого округа Московской области.