Фамилия Белоногина — женская форма фамилии Белоногин, и в её основе лежит яркое прозвище, данное человеку по внешнему признаку. Разбираем словообразовательную модель: корень «бел-» (белый) + корень «-ног-» (нога) + суффикс принадлежности «-ин». Суффикс «-ин» в русских фамилиях указывает на принадлежность к конкретному лицу: Белоногин — сын Белоногого, то есть потомок человека с прозвищем Белонога. Прозвище Белонога мог получить человек с необычно светлой кожей ног, что в крестьянской среде, где много ходили босиком и ноги быстро загорали, было заметной приметой. Также так могли назвать того, кто носил белые порты или онучи, выделяясь этим на фоне других.

В отличие от более частых фамилий типа Белоногов или Белоножкин, форма Белоногин встречается реже. Сравнение с однокоренными фамилиями (Белоножкин, Белоножко) показывает, что прозвище могло бытовать в разных говорах и диалектах, где ударение и окончание менялось. Фамилия Белоногина (и Белоногин) тяготеет к южнорусским и центральным областям — там, где фиксировались прозвища с основой «Белоног-» в переписных книгах XVII–XVIII веков. Например, в документах по Рязанскому и Тульскому краям встречаются крестьяне и однодворцы с таким прозвищем.

Спорных версий здесь немного: иногда основу пытаются связать с географическим названием (например, речка Белонога), но такая топонимика почти не зафиксирована. Прозвищное происхождение — самое прямое и правдоподобное. Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или однодворческая, без дворянских корней — об этом говорит «говорящая» основа, описывающая бытовую внешность. Таким образом, Белоногина — фамилия-описание, которая сразу рисовала образ предка: светлоногого, заметного в толпе человека.