Фамилия Белошеин образована от прозвища Белошей, а оно, в свою очередь, — от словосочетания «белая шея». Чаще всего так могли прозвать человека за внешность: светлую, чистую кожу, которая не знала загара или была заметно бледнее лица. Но возможен и другой смысл — опрятность, чистоплотность, привычка следить за собой. В крестьянской среде, где работа была грязной и тяжёлой, такая деталь бросалась в глаза и легко становилась прозвищем.

Словообразовательная модель здесь простая: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Белошеин), то есть «сын Белошея». Это типичная патронимическая фамилия, одна из самых распространённых в русском ономастиконе.

Есть и другая версия происхождения, связанная с диалектами. В некоторых говорах «белошеем» называли птицу — ржанку или голубого гуся. Если прозвище возникло из этой лексики, оно могло относиться к человеку с длинной шеей или с какой-то повадкой, напоминающей птицу. В народной традиции такие прозвища иногда давали детям, чтобы «обмануть» нечистую силу или передать ребёнку качества животного. Но эта гипотеза менее вероятна: прозвища по внешности встречаются гораздо чаще, чем по названиям редких птиц.

Фамилия Белошеин — довольно редкая. Встречается в основном в центральных и северных областях России, но без массовой географической привязки. Сравните с близкими по смыслу фамилиями: Белошейкин, Белошей, Белошеева — все они образованы от той же основы, но с разными суффиксами. Такое разнообразие указывает на то, что прозвище Белошей было живым и самостоятельным, а не книжным или заимствованным.

Точное время возникновения фамилии установить сложно. Как и многие русские фамилии, она окончательно закрепилась в XVI–XVII веках, после отмены местничества и введения подушных переписей. Но могла оформиться и раньше, в отдельных местностях. Окончательный ответ дадут только генеалогические изыскания в конкретном регионе.