Фамилия Белушкина — женская форма, а её мужской вариант Белушкин. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Белушка. Такие имена на Руси давали по цвету волос или кожи: белый, белёсый, светлый. Человека с очень светлыми волосами или бледной кожей могли прозвать Белым, а уменьшительно-ласкательная форма Белушка закрепилась за ребёнком или младшим членом семьи.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Белушкин буквально значит «сын Белушки» или «человек из рода Белушки». Эта модель образования типична для русских фамилий, особенно в северных и центральных областях. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от имён на твёрдый согласный, -ин присоединяли к основам на -а/-я, и здесь это как раз случай Белушка.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с названием рыбы белуга или белуха. В говорах «белушкой» иногда называли рыбу или даже белого медведя, но такие прозвища обычно давали людям по сходству — например, крупному или медлительному человеку. Однако первое объяснение, от цвета, встречается чаще и правдоподобнее.

Фамилия редкая, не относится к числу распространённых дворянских. Скорее всего, её носили крестьяне или посадские люди, а закрепилась она в тех регионах, где были сильны традиции мирских имён — на Русском Севере, в Поволжье или в центральных губерниях. Встречается также вариант Белушкин, но без дополнительных суффиксов вроде -ский, что указывает на простонародное, а не искусственное семинарское происхождение.

Однокоренные фамилии — Белов, Белкин, Беляев, Белоусов — все они образованы от той же основы «бел-», но с разными суффиксами и окончаниями. Белушкина стоит в этом ряду особняком из-за редкого уменьшительного суффикса -ушк-, который придаёт фамилии оттенок ласковости и указывает на то, что исходное прозвище дали скорее ребёнку, чем взрослому.