Фамилия Беляникова — женская форма фамилии Беляников, и в её основе лежит разговорное или диалектное прозвище. Если убрать суффикс -ов, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей сын?»), остаётся корень «Беляник». Это слово образовано от прилагательного «белый» с помощью суффикса -яник, который встречается в русских говорах нечасто. Например, «беляник» в некоторых областях называли человека со светлыми волосами, бледной кожей или того, кто носил белую одежду. Но есть и другая, более конкретная версия: в архангельских и вятских говорах «беляником» именовали гриб-подберёзовик (из-за его белой шляпки). Прозвище мог получить сборщик или продавец грибов, либо человек, которого сравнивали с этим грибом по внешности — коренастый, светлый.

Суффикс -ик в основе (Белян-ик) типичен для прозвищ, которые затем становились фамилиями: он придаёт уменьшительно-характеризующий оттенок. Сравните с фамилиями Беляев, Белов, Белкин — все они от «белый», но каждый со своим суффиксом. Беляников стоит в том же ряду, но встречается реже, что говорит о его более локальном происхождении. Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России: в переписях XVII–XVIII веков крестьяне и посадские люди с прозвищем Беляник фиксировались в Вятке, Перми, Костроме.

Сословно Беляниковы, скорее всего, были крестьянами или мещанами. В дворянские родословные книги эта фамилия не попала, а значит, её носители не владели крепостными и не служили в привилегированных чинах. Само прозвище — бытовое, без намёка на знатность: так могли назвать за внешность, занятие или даже за то, что человек «белил» стены (хотя для маляров чаще использовали слово «белильщик»).

Единственная спорная версия — связь с церковным именем Венедикт (в просторечии Бенедикт → Беляник). Но это маловероятно: имя Венедикт не было широко распространено в крестьянской среде, а фамилия на -ик обычно образуется именно от прозвищ, а не от канонических имён. Поэтому основная гипотеза — светлый человек или грибник.