Фамилия Беникова — женская форма, а её мужской вариант — Беников. С точки зрения словообразования это типичная «патронимическая» фамилия, то есть образованная от имени или прозвища отца с помощью суффикса -ов. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Бени́кова.

Корень фамилии — Беник. Самое очевидное объяснение: это сокращённая или обиходная форма крестильного имени Венедикт (от латинского benedictus — «благословенный»). В русских говорах имя часто редуцировали: Венедикт превращался в Бенедикта, а затем в Беника. Такой путь прошли многие церковные имена: например, Евдоким становился Окимом, а Пантелеймон — Пантелеем. По этой модели Беник — это простонародный вариант, от которого и пошла фамилия.

Есть и другая версия, менее распространённая, но не лишённая оснований. В тюркских языках (особенно в карачаево-балкарском и кумыкском) слово «беник» может означать «родинка» или «метка». В этом случае прозвище Беник могли дать человеку с заметной родинкой на лице или теле. Однако для русской фамилии такая этимология менее вероятна: суффикс -ов в сочетании с тюркской основой встречается реже, хотя и возможен на южных окраинах России.

Географически фамилия Беников (и Беникова) не слишком частая. Основные очаги — Центральная Россия и Поволжье, что косвенно указывает на связь с именем Венедикт: именно в этих регионах имя было популярно в крестьянской среде в XVII–XVIII веках. В дворянских родословных эта фамилия не встречается — скорее всего, предки носителей были крестьянами или посадскими людьми.

Любопытная деталь: в дореволюционных метрических книгах фамилию могли записывать через «я» — Бениковъ, а в редких случаях путали с фамилией Бенников (от немецкого «бенн» — амбар). Но это именно ошибки писцов, а не самостоятельная ветвь.