Фамилия Бенникова — женская форма от Бенников, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Бенник. Чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с основой «Бен-», которая в русской ономастике встречается нечасто и почти всегда заимствована.

Самый вероятный путь — через личное имя Бенедикт (от латинского benedictus — «благословенный»). В народном произношении это имя сокращалось до Беня, Бенята, а уменьшительная форма с суффиксом -ник дала Бенник. То есть Бенников — буквально «сын Бенника», потомок человека, которого в быту звали Бенником. Такая модель типична для русских фамилий на -ов/-ев, образованных от канонических имён: Никита — Никитин, Фома — Фомин. В случае с Бенниковым суффикс -ник выполняет ту же роль, что в фамилиях типа Винников (от Винник — тот, кто торгует вином) или Мельников, но здесь он не профессиональный, а уменьшительно-личный.

Есть и другая версия, менее распространённая, но возможная. В некоторых говорах «беня» означало «глуповатый, простоватый человек» (сравните с диалектным «бень» — дурак, болван). Если прозвище Бенник закрепилось за таким человеком, фамилия от него — прямая характеристика предка. Однако эта гипотеза слабее: подобные прозвища редко становились основой для фамилий без дополнительного суффикса, а Бенников — типичный патроним.

В любом случае, фамилия редкая и явно недворянская. В дореволюционных списках она почти не встречается, что говорит о её позднем оформлении — скорее всего, в XIX веке среди крестьян или мещан. Географически Бенниковы тяготеют к южнорусским областям (Курская, Воронежская губернии), где имя Бенедикт было в ходу, а также к Поволжью, куда переселенцы принесли местные говоры.

Интересная деталь: в фамилии ударение почти всегда падает на первый слог — Бе́нников, а не Беннико́в. Это указывает на её происхождение от имени, а не от слова «бенник» (как, например, в фамилии Соколов ударение на последнем слоге — от птицы, а не от имени Сокол). Так что, скорее всего, предки носительницы фамилии — люди, чей родоначальник носил имя Бенедикт, сокращённое до Бенника.