Фамилия Бениксов — одна из тех, что выдают в своем носителе не просто русского человека, а потомка иностранца, обрусевшего несколько поколений назад. Её основа — немецкая или еврейская фамилия Беникс, которая, в свою очередь, восходит к латинскому имени Бенедиктус (Benedictus), означающему «благословенный». В немецкой среде это имя давали в честь святого Бенедикта Нурсийского, основателя западного монашеского ордена.

Русский суффикс -ов в данном случае сработал как маркер адаптации: его добавили к основе Беникс, чтобы «обрусить» фамилию по стандартной модели (сравните: Шмидт → Шмидтов, Гофман → Гофманов). Это типично для второй половины XIX — начала XX века, когда в Российской империи активно оформлялись документы, и многие выходцы из немецких колоний или еврейских местечек получали или сами выбирали фамилии с русскими окончаниями для удобства чиновников.

Вероятнее всего, первый носитель фамилии Бениксов был либо сыном человека по фамилии Беникс (прямое отчество), либо крестьянином или ремесленником, которому при переписи или записи в мещанское сословие «навесили» фамилию по отцу. В отличие от дворянских фамилий, Бениксовы редко встречаются в родословных книгах — это фамилия скорее разночинская, городская или сельская, распространенная в западных губерниях, Поволжье (где были немецкие колонии) и в Прибалтике.

Интересная деталь: в русском языке фамилия могла писаться и как Бениксовъ (с твердым знаком), и как Бениксов, причем в некоторых документах встречается вариант Бениксович — что прямо указывает на отчество, а не на фамилию в современном смысле. Сегодня фамилия редкая, но её носители могут с высокой вероятностью найти среди предков выходца из Германии, Австрии или еврейской общины, носившего фамилию Беникс.