Фамилия Бениваленский — редкий случай, когда русская фамилия образована не от прозвища или профессии, а от латинского прилагательного. Её основа — латинское benevolens (доброжелательный, благожелательный). В русском языке это слово дало книжное «беневалентный» (устаревшее, означающее «доброжелательный»). Фамилию могли дать в духовной семинарии: в XVIII–XIX веках будущим священникам нередко присваивали «искусственные» фамилии на -ский, образованные от латинских или греческих слов с положительным значением. Так появились Благонравовы, Доброумовы, Благосветловы — и Бениваленский, как вариант с тем же смыслом.

Суффикс -ский — типичный для семинарских фамилий, он указывал на принадлежность к духовному сословию. В крестьянской или купеческой среде такие фамилии почти не встречались. Поэтому, скорее всего, первый носитель фамилии был выпускником семинарии, получившим звучную фамилию вместо старой, неблагозвучной или простонародной. Возможно, его предки носили фамилию вроде Добрынин или Доброхотов, но семинарское начальство заменило её на латинизированный аналог.

Встречается написание с одной «н» — Бениваленский, и с двумя — Бенниваленский. Оба варианта возможны, так как латинское benevolens содержит одно «n» в корне bene-, но в русской передаче иногда удваивали согласные для благозвучия. Географически фамилия редкая, основные следы — в центральных губерниях России, где были духовные училища и семинарии.

Если сопоставить с однокоренными фамилиями, например, Беневалентский или Беневалентов, то Бениваленский — самая простая и короткая форма. Она не имеет отношения к топонимам или личным именам: это чисто книжное образование, призванное подчеркнуть добродетель носителя. В советское время такие фамилии нередко меняли из-за «поповского» звучания, но Бениваленский сохранилась, хоть и остаётся очень редкой.