Фамилия Бенях — редкий случай, когда окончание не подсказывает географию происхождения. В русском языке фамилии на -ях обычно встречаются у поляков (Сенкевич, Мицкевич) или в южных регионах, но Бенях стоит особняком: суффикс -ях здесь не польский, а скорее западноукраинский или белорусский, указывающий на форму родительного падежа множественного числа. Это не патронимический суффикс (как -ович), а застывшая форма прозвища или коллективного наименования.

Основа фамилии — Беня. Это уменьшительная форма от библейского имени Вениамин (в народном произношении — Бенямин). В среде еврейского населения Восточной Европы имя Беня было распространено как самостоятельное, сокращённое от Бенцион (буквально «сын Сиона»). В украинском и белорусском говорах имя Беня могло закрепиться за человеком, который носил его в быту, а фамилия Бенях означала «из рода Бени» или «принадлежащий Бене».

Вторая версия, менее вероятная, — что Бенях ведёт начало от польского слова «beniak» (простак, недотёпа) или от немецкого «Benno» (сокращение от Бернхард). Но эти гипотезы плохо объясняют именно окончание -ях, которое для польского и немецкого словообразования нехарактерно.

Географически фамилия Бенях встречается в основном в западных областях Украины (Волынь, Подолье) и в Беларуси. В дореволюционных метрических книгах её носители — мещане и крестьяне, часто еврейского происхождения. В XX веке часть носителей переселилась в центральную Россию и за рубеж, но фамилия осталась малочисленной: в современных базах данных её фиксируют единицы на миллион жителей.

Таким образом, Бенях — это фамилия, образованная от бытового имени Беня по модели, типичной для западнорусских земель. Её носители — потомки человека, которого в семье или общине называли Беней, а со временем это прозвище превратилось в родовое имя с окончанием, указывающим на принадлежность к его роду.