Фамилия Бердибеков образована от восточного мужского имени Бердибек. Оно составное и восходит к двум тюркским словам: «берди» (в переводе — «дар (божий)», «бог дал») и «бек» («князь, повелитель, начальник, руководитель, глава, хозяин, господин»). Нарекая ребенка именем Бердибек, родители желали сыну в будущем власти и богатства.

Фамилию Бердибеков следует отнести к типичной модели русских фамилий на -ов, которые образуются от имён и прозвищ, оканчивающихся на согласный. В данном случае суффикс -ов присоединился к основе имени Бердибек, превратив его в фамилию, отвечающую на вопрос «чей?» — то есть «сын Бердибека». Такая модель широко распространена не только у русских, но и у многих тюркских народов, где фамилии часто образовывались по русскому образцу после вхождения их земель в состав Российской империи.

Географически фамилия Бердибеков встречается в основном среди народов Северного Кавказа, Поволжья и Средней Азии — там, где были распространены тюркские языки и традиция давать составные имена с компонентом «бек». Сравните однокоренные фамилии: Бердиев, Бердимуратов, Бекбердиев. В них тот же корень «берди» («дар») и тот же титул «бек», но в разном порядке слов — что лишний раз подчёркивает вариативность и богатство тюркской ономастики.

Интересно, что компонент «бек» в имени Бердибек — не просто пожелание знатности. В тюркской традиции «бек» мог быть и реальным социальным статусом: так называли военачальников, старейшин, землевладельцев. Поэтому имя Бердибек могло даваться не только в надежду на будущее, но и в честь реального предка-бека, как бы закрепляя за родом память о его положении.