Фамилия Бердигулова образована как типичная для тюрко-мусульманской традиции патронимическая модель: к составному личному имени Бердигул добавили русский патронимический суффикс -ов (в женском роде -а). Это имя, в свою очередь, сложилось из двух корней: «Берди» (в тюркских языках — «дал», то есть «Бог дал», «дар Божий») и «Гул» (от персидского «голь» — «цветок»). Таким образом, имя Бердигул буквально означает «Богом данный цветок» или «дар, подобный цветку».

Вероятно, основатель рода получил такое имя как пожелание: чтобы он был не только красивым внешне, но и обладал внутренней чистотой и душевной красотой. Подобные двухосновные имена (Бердибай, Бердимурат, Гульнара, Гульмира) широко распространены у народов Средней Азии, татар и башкир, что указывает на регион возможного происхождения фамилии — Урало-Поволжье или Центральная Азия.

Процесс закрепления фамилий у мусульманских народов Российской империи был длительным и неравномерным. Массово они фиксировались в документах лишь в конце XIX — начале XX века, поэтому точное место и время возникновения конкретного рода Бердигуловых можно установить только через углублённые генеалогические изыскания (метрические книги, ревизские сказки). Фамилия сохранила в себе архаичную форму имени, где компонент «Берди» выступает как причастие прошедшего времени («дал»), что характерно для огузской и кыпчакской языковых групп.