Фамилия Бешимова — редкий пример того, как в основе фамилии лежит не имя, а временной отрезок. Исходное слово «бешим» в киргизском языке означает время сразу после полудня. Скорее всего, его давали как прозвище ребёнку, родившемуся именно в этот час — «послеобеденный», «полуденный». Такая модель именования по времени рождения встречается у многих тюркских народов, но именно киргизский корень здесь выглядит наиболее убедительным.

Менее вероятна, но тоже возможна версия, связывающая фамилию с турецкими словами «besh» (пять) и «im» (знак, признак). В этом случае прозвище могло указывать на какой-то отличительный знак или символическую «пятёрку» — например, пятый ребёнок в семье. Однако у этой гипотезы меньше оснований: в тюркской ономастике числительные реже становятся личными прозвищами, чем обозначения времени.

Словообразовательная модель проста: к основе «Бешим» добавлен типичный для русских фамилий суффикс -ов, оформляющий фамилию по мужскому роду (Бешимов), а женская форма Бешимова образована по правилам русской грамматики. Встречается такая фамилия в основном в среде народов Средней Азии и в регионах России с тюркским населением.

Точное сословие и дату возникновения рода Бешимовых установить без генеалогического исследования невозможно — фамилия могла оформиться и в XIX, и в начале XX века, когда многие тюркские прозвища фиксировались в документах при переходе к постоянным фамилиям.