Фамилия Бейкенова — яркий пример фамилии, образованной по тюркской модели, с характерным для русского языка суффиксом. Её основа — мужское имя или прозвище Бейкен, которое, скорее всего, восходит к тюркскому слову «бей» (господин, князь, правитель) с уменьшительно-ласкательным аффиксом «-кен». Таким образом, Бейкен можно перевести как «маленький бей», «князёк» или «сын бея». В тюркской ономастике такие имена часто давали детям знатных людей или как пожелание будущего благородства.

Фамилия Бейкенова — женская форма. Мужской вариант — Бейкенов. Распространена она преимущественно среди народов, говорящих на тюркских языках, в первую очередь у казахов. Географически фамилия чаще всего встречается в Казахстане, а также в прилегающих регионах России, где исторически проживает тюркоязычное население. Суффикс «-ов/-ова» указывает на то, что фамилия русифицировалась, то есть была оформлена по русскому грамматическому шаблону для документов в XIX–XX веках.

В отличие от многих русских фамилий, которые произошли от прозвищ по профессии или внешности, Бейкенова напрямую связана с социальным статусом. Предок носительницы этой фамилии был человеком, которого окружающие называли Бейкеном — скорее всего, уважаемым старейшиной, потомком местного правителя или просто человеком с властным, «княжеским» характером. В среде кочевников такие прозвища не были редкостью и передавались как родовое имя.

Интересно, что в казахском языке есть созвучное слово «бекен» (косуля), но для данной фамилии такое значение маловероятно. Имена со значением «господин» (бек, бий, бей) были чрезвычайно популярны и давали устойчивый пласт фамилий, в то время как зооморфные прозвища в этой среде встречаются реже и имеют другую словообразовательную модель. Поэтому версия с «бей» и суффиксом «-кен» считается основной и наиболее правдоподобной.