Фамилия Бейскенова — редкий пример русской фамилии, образованной от тюркского мужского имени. В основе лежит имя Бейскен (или Байскен), которое состоит из двух частей: «бей» (в тюркских языках — господин, князь, богатый человек) и «скен» (вероятно, диалектный вариант слова «исен» или «есен» — здоровый, невредимый, благополучный). Таким образом, имя-основа могло означать «здоровый господин», «крепкий князь» или «благополучный богач». Встречаются и другие варианты разложения: например, вторая часть может восходить к глагольной форме со значением «ты» или быть искажением имени Искандер (Александр), но первая гипотеза выглядит более естественной для тюркского именника.

Суффикс «-ова» указывает на принадлежность: Бейскенова — это «дочь» или «жена» человека по имени Бейскен. По русской словообразовательной модели так оформлялись фамилии от основ, оканчивающихся на согласный. Интересно, что фамилия сохранила тюркский корень в почти неизменном виде, без русификации окончания (не превратилась в Бейскеновский или Бейскин). Это говорит о том, что фамилия закрепилась в среде, где тюркские имена не переводили и не переделывали, а просто адаптировали к русскому паспортному стандарту.

Географически фамилия тяготеет к регионам Казахстана и сопредельным территориям, где исторически смешивались тюркские и славянские ономастические традиции. Носительницы фамилии Бейскенова — почти исключительно женщины (мужской вариант — Бейскенов). Встречаемость низкая, что характерно для фамилий, образованных от редких или локальных личных имён. Сословная принадлежность предков, скорее всего, не была элитной: подобные именования давали рядовым кочевникам или крестьянам, чьё имя или прозвище записывали при крещении или переписи.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Бейсенов, Байскенов, Бейсенбаев) показывает, что основа «бейсен» встречается в казахском и башкирском именослове чаще, чем «бейскен». Вероятно, вариант Бейскен — либо диалектный, либо результат искажения при записи в документах XIX — начала XX века, когда писарь мог на слух зафиксировать имя не вполне точно. Для носительницы фамилии это означает, что её предки, возможно, происходили из отдалённого аула или переселенческой среды, где имя бытовало в локальной форме.