Фамилия Бейсенбекова образована от прозвища Бейсенбек, которое состоит из двух частей. Первая из них восходит к казахскому мужскому имени Бейсен - «четверг». Так называли мальчиков, родившихся в этот день. Вторая часть фамилии образована от тюркского нарицательного «бек», что переводится как «князь, повелитель, начальник, руководитель, глава, хозяин, господин». Существительное «бек» изначально употреблялось как древнетюркский военный термин, но с течением времени оно превратилось в антрополексему и стало активно использоваться при образовании составных тюркских имен и прозвищ. Можно предположить, что основатель рода Бейсенбековых был знатным, уважаемым человеком, родившимся в четверг. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Бейсенбековых можно лишь на основании генеалогических исследований.