Фамилия Бездушко — редкий случай, когда основа прозвища почти наверняка не имеет того значения, которое первым приходит в голову. Вопреки ожиданиям, предок был назван не «бездушным» в смысле жестокости или чёрствости. В старых русских говорах у слова «душа» был и конкретный, бытовой смысл — так называли ямочку на шее под кадыком, а также углубление в нижней части грудины. Человек без такой ямочки, с гладкой шеей или плоской грудью, получал прозвище Бездушко. Это внешняя, анатомическая примета, вроде «Безгубов» или «Безухов».

Модель образования проста и прозрачна: основа «бездуш-» и суффикс -к(о), типичный для украинских и южнорусских фамилий. Суффикс -к(о) в украинской ономастике — один из самых частых: он оформлял прозвища и отчества в значении «сын такого-то» или просто «носитель признака» (Шевченко, Коваленко, Бездушко). Фамилия Бездушко — украинская или белорусская по происхождению, с характерным ударением на последнем слоге. На территории России она встречается в областях, граничащих с Украиной, — в Курской, Белгородской, Воронежской, а также в Краснодарском крае, куда фамилию могли принести переселенцы.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает прозвище с профессиональной сферой. В некоторых говорах «душа» могла обозначать дыхательное отверстие в кузнечном мехе или горне. Мастер, работавший с неисправным инструментом, мог получить ироничное прозвище Бездушко. Однако эта гипотеза слабее: нет устойчивой фиксации такого термина в ремёслах, а анатомическое значение «души» засвидетельствовано в диалектных словарях (например, в архангельских и вологодских говорах). К тому же, в отличие от фамилий вроде Безруков или Безносов, где основа ясна, Бездушко не имеет параллелей с утратой части тела — значит, речь шла о врождённой особенности строения, а не об увечье.

Среди однокоренных фамилий — Бездушный, Бездушнов, Бездушко-Бездушный (двойные фамилии встречались у духовенства, но к данной основе это вряд ли относится). В архивных записях фамилия фиксируется с XVII века: в реестре Войска Запорожского 1649 года упоминается казак Бездушко из Полтавского полка. Это одно из ранних документальных свидетельств, которое подтверждает украинское происхождение и связь с казачьей средой. Таким образом, носитель фамилии Бездушко — потомок человека, которого окрестили по заметной внешней черте, и прозвище это не несло негативного оттенка, а было чисто описательным.