Фамилия Беззубаев — один из тех случаев, где прозвище, данное по внешнему признаку, стало родовым именем. В её основе лежит прилагательное «беззубый», а словообразовательная модель с суффиксом -ай (Беззубай) характерна для русских прозвищ, описывающих физическую особенность: Косой, Горбай, Шубай. Такая форма — прямое указание на то, что прозвище было не книжным, а живым, обиходным.

Прозвище Беззубай могло закрепиться за человеком по двум причинам. Первая и самая очевидная — отсутствие зубов, что в крестьянской среде было частым следствием возраста, болезней или травм. Вторая версия менее прямолинейна и относится к области охранительных имён. Согласно старым народным представлениям, чтобы уберечь ребёнка от злых сил, родители могли наречь его «плохим» именем — в расчёте на то, что злые духи не позарятся на того, кто назван Беззубаем. Такой оберег должен был обеспечить мальчику крепкое здоровье и, как ни парадоксально, хорошие зубы в будущем.

Фамилия образована по стандартной для русской ономастики модели: к основе прозвища Беззубай добавился патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного). Буквально Беззубаев — «сын Беззубая». Суффикс -ев указывает на то, что фамилия сложилась в среде, где преобладала великорусская традиция именования по отцу, скорее всего, в центральных или северных губерниях России.

Говорить о точном времени возникновения фамилии без генеалогических изысканий сложно. Массовое закрепление фамилий у крестьян произошло после отмены крепостного права в 1861 году, однако прозвища, лёгшие в их основу, могли бытовать на несколько столетий раньше. Встречаются однокоренные фамилии — Беззубов, Беззубый, — что говорит о распространённости этого прозвища в разных регионах. Например, фамилия Беззубов чаще фиксируется в южнорусских и украинских землях, где была принята модель без суффикса -ай. Таким образом, Беззубаев — это вариант, сохранивший более архаичную прозвищную форму.